Estas nueva juntas se disfrazaban como "Academia Literaria" y eran realizadas en la casa del Corregidor Miguel Domínguez y de su esposa Josefa Ortiz de Domínguez. En estas reuniones también participaron Ignacio Allende, personaje importante en la sociedad y el cura Don Miguel Hidalgo y Costilla, el cual era influyente entre los desprotegidos e índigenas, También participó Mariano Abasolo.
Fué Hidalgo el que organizaría el movimiento popular Y Allende junto con Aldama serían las cabezas del ejército insurgente. El movimiento que organizaban debería estallar el 1º de diciemebre de 1810 para asi dar inició a la independencia. pero la conspiración contra la corona española fué descubierta por el virrey Francisco Venegas. El mensajero de la corregidora y el capitánAldama llegaron al pueblo de Dolores en la madrugada del 16 de septiembre de 1810, y les avisaron a don Miguel Hidalgo y Costilla y a Ignacio Allende, que la conspiración había sido descubierta. Entonces Hidalgo exclamó: "Caballeros. estamos perdidos. Aquí no hay más remedio que ir a coger gachupines". Sacaron a los presos de la cárcel y metieron en su lugar a todos los españoles que vivían enDolores.
GRITO DE INDEPENDENCIA
Cuando la conspiración fue descubierta y enviados a prisión algunos conjurados, Hidalgo se enteró de la denuncia vagamente el 12 o 13 de septiembre. Dona Josefa Ortiz de Domínguez envió un emisario a Allende, pero no encontrándolo entregó la misiva a Aldama. Este entró a Dolores el 16 de septiembre a las 2 de la mañana. Al enterarse Hidalgo que se había descubierto la conspiración en Querétaro, dijo a Allende y a Aldama: "Caballeros, somos perdidos; aquí no hay más recurso que ir a coger gachupines".
Después de armar a 10 hombres se dirigieron a la cárcel para libertar a los presos, reuniendo hasta 80 hombres. Era domingo y llamó a misa más temprano que de costumbre. Hidalgo habló a los feligreses que acudieron increpándolos a levantarse en armas para derrocar al mal gobierno y esperar un mejor porvenir.
Las palabras de Hidalgo despertaron un vivo entusiasmo por la libertad, llegando a reunir casi 300 hombres. Prendieron al subdelegado, y así se adueñaron de la población sin la más mínima resistencia. Comenzaba la lucha por la Independencia. Unió a ellos el Regimiento de la Reina, y la gente del campo, principalmente indios, armados con hondas, palos e instrumentos de labranza, algunas lanzas, espadas y machetes, tocó las campanas para llamar a la primera misa. Por ser domingo, acudieron muchas personas, que en su mayoría eran indígenas. Desde el atrio, el cura les hizo una enérgica exhortación a liberarse del yugo español y terminó su breve discurso al grito de
"¡Viva la lndependencia! ¡Viva América! ¡Muera el mal gobierno! A lo que los feligreses emocionados respondieron: ¡Mueran los gachupines! " Rápidamente se organizaron, y a las once de la mañana, salieron de Dolores ochocientos hombres, armados con piedras, lanzas y palos. En su camino hacia la libertad, pasaron por varios pueblos y ciudades, cuyos habitantes apoyaron su noble causa, y muchos de ellos se sumaron al ejército libertador. Al llegar a Atotonilco, Hidalgo tomó de la iglesia una pintura de la Virgen de Guadalupe, con la que improvisó un estandarte y, mientras lo agitaba a la vista de todos, gritó: "¡Viva nuestra Madre Santísima de Guadalupe! ¡ Viva la América!"
Poco después los españoles eligieron a la Virgen de los Remedios, como patrona y generala de sus fuerzas. Al ser informado de que los insurgentes se dirigían a Guanajuato, una de las ciudades más ricas e importantes del virreinato, el intendente, Juan Antonio de Riaño, dio instrucciones a los soldados realistas de preparar el ataque en la Alhóndiga de Granaditas, mientras que sus empleados trasladaban a ella los caudales reales, los fondos de la ciudad y los archivos del gobierno, además de víveres y barriles de agua. Los españoles también usaron a esa fortaleza como refugio de sus familias, de sus tesoros y de ellos mismos.
Hidalgo trató de persuadir al intendente a rendirse, pero Riaño le mandó decir altiva y despectivamente que lo "esperaba con sus chusmas" en el Castillo de Granaditas. El combate dio inicio al medio día del 28 de septiembre de 1810, entre una muchedumbre de indígenas, armados de piedras, lanzas y garrotes, y unas tropas muy bien equipadas. Los cañones eran tan potentes, que cada una de sus balas bastaba para matar a docenas de insurgentes. No obstante, los sublevados no se daban por vencidos y continuaban luchando valerosamente. Aunque las armas de los realistas superaban en mucho a las piedras de sus enemigos, el número de éstos era inmensamente mayor. Los mineros de Guanajuato, apostados en los cerros lanzaban un verdadero alud de piedras. Repentinamente los españoles y sus partidarios se sintieron perdidos y trataron de rendirse, pero ya era demasiado tarde. El Pípila le prendió fuego a la puerta, los rebeldes entraron a la fortaleza y aniquilaron a casi todos sus defensores.
Este sangriento acontecimiento indignó al gobierno español y a los representantes de la iglesia, quienes se apresuraron a excomulgar a los insurgentes. La inquisición, que ya había sido suprimida legalmente en España, volvió a establecerse y le dio a Hidalgo el cargo de "impío que sembraba en todas partes el horror, la desolación, los robos..." Pero las acusaciones de los españoles no tenían ninguna validez para el cura, quien prometió que: "Ya no habría inquisidor gachupín, ni arzobispo gachupín, ni virrey gachupín, ni rey gachupín, ni santo gachupín".
En Guadalajara, Hidalgo formó un gobierno provisional y redactó manifiestos que abolían la esclavitud y el tributo, y promulgaban el reparto de tierras a los indígenas desposeídos. También en esa ciudad se publicó El Despertador Americano, un periódico que se convirtió en el vocero de las ideas independentistas.
Cuando Félix Maria Calleja tomó el mando de las tropas realistas, los insurgentes empezaron a sufrir constantes derrotas, como en la Batalla del Puente de Calderón, que se entabló el 17 de enero de 1811, y que fue la última en la que participó Hidalgo. Posteriormente cayó prisionero y fue fusilado.
Después de la ejecución de Hidalgo, Allende, Aldama y Jiménez, los principales líderes del movimiento, los realistás los decapitaron, metieron sus cabezas en sendas jaulas de fierro, y las colgaron en las esquinas de la Alhóndiga de Granaditas. Allí permanecieron hasta la consumación de la Independencia (27 de Septiembre de 1821).
A la muerte de Hidalgo, la insurrección continuó en el sur, bajo la dirección del cura José Maria Morelos y Pavón, quien solía llamarse a si mismo "el siervo dala nación". Entre sus lugartenientes figuraban excelentes militares, como los hermanos Galeana, los hermanos Bravo y Vicente Guerrero.
Félix Maria Calleja y Agustín de Iturbide los combatieron durante más de cuatro años, hasta que, el 5 de noviembre de 1815, Morelos fue capturado, despojado de su cargo de sacerdote y ejecutado el 22 de diciembre de 1815, en San Cristóbal Ecatepec. El movimiento de independencia no pereció con Morelos. Vicente Guerrero y otros insurgentes siguieron luchando tenazmente, hasta que lograron liberar a México de la opresión española.
